Kabupaten Jayapura är ett kabupaten i Indonesien. Det ligger i provinsen Papua, i den östra delen av landet, 3,700 km öster om huvudstaden Jakarta. Antalet invånare är 111,943.
Tropiskt regnskogsklimat råder i trakten. Årsmedeltemperaturen i trakten är 21 °C. Den varmaste månaden är februari, då medeltemperaturen är 22 °C, och den kallaste är januari, med 21 °C. Genomsnittlig årsnederbörd är 3,489 millimeter. Den regnigaste månaden är mars, med i genomsnitt 444 mm nederbörd, och den torraste är juli, med 162 mm nederbörd.